自然科学为了解决从对白昼交替、日食和月食、打雷、闪电、疾病和死亡等诸多的自然现象所产生的好奇心和无知的恐惧中开始努力进行的。迄今为止，由于造作错误，引发了无数次的失败和挫折。每个人观察自然的角度都不同，用的方法和得到的结论也各不相同。起初有一种神话般的说明认为：生物、山、江河、树、石头、天空等一切物质是有灵魂和生命力的，通过神来支配它们的活动和命运，人们无法得知神的变化无常，所以好长时间把自然现象归属于“神秘的”灵领域范畴。公元前大约五至六世纪，希腊自然哲学者们提出物质原子说和物质元素理论才把自然从神的影响力中脱离出来。希腊自然科学的集大成者是亚里士多德，他采用自然探索观察方式，在神话般说明的基础上有所进展，但自然法规受到了双重（以人为中心和有目的的说明方法）支配，所以没有多大进步。
科学史学家认为在十六世纪中叶到十七世纪中叶大约一百年期间，通过西方清教徒主导的“科学革命”，使现代科学出现了空前繁荣。文艺复兴，灵活的自由思考和马丁路德和、加尔文主导的宗教改革运动，使人们完全用自然眼光观察科学，进而把拉丁语的《圣经》翻译成各种国家语言，《圣经》的自然观成为普遍化。《圣经》启示：上帝创造包括人类的所有物质，创造主上帝在混乱中找到秩序。他有合理的一贯性。《圣经》说耶和华用能力、智慧和明哲创造世界（耶10：12），上帝的技巧和知识尽在于此（诗19：1-4）。
宗教改革运动在西方成为圣经自然观普遍性的主因。新的自然观产生了新的自然探索方法，也就是说被造物之一的人用谦虚的态度观察被造世界的自然，一定要找到其中上帝的决心和想法（赛55：8）的觉悟中产生了现代科学。
提出新科学方法论的培根、笛卡儿、科学革命的先驱伽利略、刻普勒、布尔以及集大成者牛顿等都是确信圣经权威的，他们很大程度上帮助了宗教改革和科学革命的相关性。使徒保罗在《罗马书》中宣告：“神的事情，人所能知道的，原显明在人心里；因为神已经给他们显明。自从造天地以来，神的永能和神性是明明可知的，虽是眼不能见，但借着所造之物，就可以晓得” （罗1：19-20）。在东方，很久以前一直认为世上的根本是气和道，物质是阴阳五行调和而成的，他们也想用观点来说明自然科学，这不同与西方的成长和发展，只能得到“石是石，水是水”的结论。我们在世界上，如果确信良善真实的上帝赐予的秩序、调和、规律，当然没有恳切盼望寻找它的必要，更不必进行顽固的努力。
科学革命的先驱认为：“科学是用上帝给我们的五感和头脑编出来的被造世界的自然教课书，通过周密的观察和实验发现隐藏其中的着上帝的权能、智慧、明智的过程”。天文学家刻普勒每次观测天上星星的时候，好象听到了上帝的无言传教（诗19：1-4），虔诚地进行。
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